Las Lagunas de Brujuelo y Cirueña constituyen un humedal kárstico característico de las campiñas y vegas del Guadalquivir. Se trata de un sistema de modelado kárstico y aluvial, de carácter temporal y con una alimentación mixta, que combina aportes superficiales y subterráneos.

Climatología

El humedal se sitúa en una zona de clima mediterráneo de tipo continental, con temperaturas medias anuales elevadas y un marcado contraste estacional. Los veranos son muy cálidos y secos, mientras que los inviernos resultan frescos, con heladas ocasionales. La precipitación media anual ronda los 600 mm, y la temperatura media anual se sitúa en torno a 16 ºC.
El mes más frío es enero, con una temperatura media de 8 ºC, mientras que el más cálido es julio, alcanzando los 28 ºC. Las precipitaciones muestran un régimen muy irregular: julio es el mes más seco, con apenas 5 mm, mientras que marzo es el más lluvioso, con cerca de 87 mm.
La evapotranspiración potencial, estimada entre 800 y 900 mm, se ve intensificada por la elevada insolación anual, superior a 4.200 horas de sol. Desde el punto de vista bioclimático, el área se encuadra en un bioclima Pluviestacional Oceánico, con termotipo mesomediterráneo y ombrotipo seco.

Geología

El complejo lagunar se localiza en la Depresión del Guadalquivir, sobre materiales pertenecientes al Complejo Olistostrómico del Mioceno. Su origen se vincula a procesos de disolución de las evaporitas presentes en los materiales olistostrómicos subyacentes, lo que ha dado lugar a la formación de una zona deprimida de carácter endorreico.
En el entorno afloran arcillas con evaporitas triásicas, especialmente yesos y halitas, muy abundantes en determinados sectores. Asimismo, aparecen afloramientos de dolomías triásicas y, discordantes sobre los materiales olistostrómicos, margas blancas miocenas en la parte meridional del área.

Hidrología

Las Lagunas de Brujuelo y Cirueña reciben aportes hídricos tanto de la precipitación directa y la escorrentía superficial, como de flujos subterráneos procedentes del acuífero local. A estos recursos se suman los excedentes de riego de los cultivos de olivar en regadío que ocupan buena parte de su cuenca de recepción.
La Laguna de Brujuelo es un humedal de carácter hipersalino y aguas semipermanentes, aunque ha sufrido alteraciones significativas por la roturación de su vaso lacustre y la sobreexplotación del acuífero.
A escasos 100 metros, se sitúa la Laguna de Cirueña, que se comunica con Brujuelo a través de un pequeño arroyo por el que desagua el excedente de sus aguas. Presenta aguas oligosalinas y actualmente se encuentra colmatada, con un canal de drenaje que limita su capacidad de almacenamiento hídrico en los años más lluviosos.